Как-то Вы изъясняетесь витиевато :)
>експлорер по умолчанию должен использовать порт 8080 для FTP
В смысле в настройках прописано, "протокол FTP, адрес прокси XX.XX.XX.XX, порт 8080"?
> даже не видит сеанс
Кто не видит: прокси, ослик?
А прокси 8080 порт слушает, что бы видеть?
Но, скорее всего, (если Вы разобрались с HTTP) проблема в том, что в FTP есть 2 режима: активный и пассивный. Пассивный - аналог HTTP, в этом режиме будет работать код, работающий с HTTP (надо, конечно, поменять порт, может еще что ни будь), а вот активный... Там по другому.
_________

На мой взгляд проблема именно в выборе активного/пассивного режимов. В TNMFTP есть property Passive: boolean;, сомневаюсь. что Вы пользуетесь этим компонентом, но help на него я бы рекомендовал почитать, может что и прояснится.
И опять же кто не видит сеанс? FTP сервер уверяет, что к нему никто не стучится? Или как?

См. checkbox "Не использовать прокси для локальных адресов"
См. "Дополнительно"/"Не использовать прокси для адресов, начинающихся с..."
См. checkbox "Автоматическое определение параметров"
См. checkbox "Использовать сценарий"
Видимо что-то из вышеперечисленного включено, вот он и идет в обход прокси. Можешь в качестве эксперимента использовать какой нибудь другой ftp-клиент. Кстати, какими компонентами пользуешься? TServerSocket, напрямую чарез WinAPI или как-то еще?

Значит, проблема переходит из плоскости программирования в плоскость борьбы с фичами M$. Сам я IE не использую, но в "свойства"/"дополнительно" нашел "использовать пассивный ftp...". Надо включить. Можно посмотреть вкладку "безопасность", может наведет на какие ни будь мысли. Для чистоты эксперимента, я бы попробовал соединится с заведомо несуществующем сервером ftp://sdjfbsjkfbksdjfbsjkdf.com, что бы его не было ни в интрасети, ни в списке надежных/ненадежных узлов.
>как прокся автоматически настраивает браузеры понятия не имею, т.к "технологии от M$" интересуют мало. Если не изменяет память, файл с расширением .pac (.pack, .pak ?) лежит на сервере, ослик его берет и...