Что то я не понял задачи:
Какой смысл Align у "невидимого" компонента использовать, если он невидим :)
Panel.visible := false не работает что ли ?

Если тебе нужно например что бы другая TPanel выравнивалась по верху но не сначала, а с какого то значения например 50, то кидаешь TSplitter и задаешь у него
Hieght:=50
Align:=alTop
потом уже свою панельку и у нее Align:=alTop
В зону TSplitter(50pix) можно кинуть для примера TEdit

Может тебе TPageControl нужен, для скрытия страниц с компонентами, хотя для align он не подойдет.

P.S. Вопросы нужно задавать более конкретные, что именно нужно и для чего, а так телепатов тут мало :)