У меня однажды была похожая ситуация - не закрывались формы, открытые как ShowModal. Смысл был в том, что во время работы с такой формой, открывалось другое модальное окно (например, информационное - MessageBox), но какого-то хрена позади основного, и фокус оставался у основного. При этом закрыть основную форму нельзя, пока не закроешь MessageBox. Приходилось ручками отодвигать основное окно в сторону, закрывать вспомогательное окно, а после этого - основное.