В чем проблема?

У меня базы реплицируются по мылу.
Стандартный механизм: У записей есть поле - статус. Одна из Баз (у тебя таблица) назначается главной. Выбираешь изменненые (новые, отредактированные и удаленные) записи, шлешь в другую таблицу, тама применяешь. Статусы обнуляешь. Обратно передаешь записи. Опять применяешь. И все. Не забудь, тока, что надо еще решить проблему удаления. У меня записи физически не удалаются (ставится соответств. статус) для того чтобы при репликации знать, что эта запись удалена и удалить ее везде. Можно и по другому.

Судя по твоим вопросам механизм тебе все-таки не понятен

не совпадающие записи в двух таблицах из разных баз.
Ни к селу ни к городу. Я ж тебе говорю используй статус записи.
Вот и выбирай записи из таблицы, где статус<>0 (например). И передавай. А там принимай. Смотри на статус (если к примеру 1, то значит запись новая, надо вставить, если 2 - то удалить (опять же не физически)). При применении смотри кто главный. Чего тут не понятного? Какой синтаксис? Синтаксис - select, insert и update.

что полей в этих таблицах навалом, порядка 40.
Это разве навалом? У меня к примеру >100 таблиц(и в каждой таблице полно полей) синхронизируются между N серверами. А процедура - одна на всех.

А у людей ваще колво таблиц измеряется сотнями (если не тыщами).