<setup title="${{ProductTitle}}">
...
	<manifest>
		<file name="setup.exe" core="true"/>
		<file name="setup.cfg"/>
		<file name="eula.txt"/>
		<file name="${{EulaHtmlFile}}"/>
		<file name="${{FunctionalConsentFile}}"/>
		<file name="${{PrivacyPolicyFile}}"/>
		<file name="${{InstallerDllDirectory}}/NVI2.dll" core="true"/>
		<file name="${{InstallerDllDirectory}}/NvInstallerUtil.dll" core="true"/>
		<file name="${{InstallerDllDirectory}}/NVI2UI.dll" core="true"/>
...
	</manifest>
</setup>

var
  i: Integer;
  s: string;
begin
  XMLDocument1.LoadFromFile('setup.cfg');
  XMLDocument1.Active:= true;
  RootNode:= XMLDocument1.DocumentElement;
  for i:= 0 to RootNode.ChildNodes['manifest'].ChildNodes.Count - 1 do
  mmo1.Lines.Add(RootNode.ChildNodes['file'].ChildNodes[i].Text);
  //XMLDocument1.ChildNodes.Delete(i); - этим хотел удалять

procedure TForm1.Button1Click(Sender: TObject);
const A: array [1..3] of String = ('EulaHtmlFile', 'PrivacyPolicyFile', 'NVI2UI.dll');
var i, j: integer;
    L: TStringList;
begin
 L := TStringList.Create;
 L.LoadFromFile('setup.cfg');
 for i := L.Count - 1 downto 0 do
  for j := 1 to 3 do
   if Pos(A[j], L.Strings[i]) > 0 then
     begin
      L.Delete(i);
      break;
     end;
 L.SaveToFile('setup.cfg');
 L.Free;
end;

uses msxml;  //подключить стандартный для windows XML парсер

var
  doc: IXMLDOMDocument;
  list: IXMLDOMNodeList;
  xml: IXMLDOMNode;
 
doc:=CoDOMDocument.Create; 
doc.Load('1.xml'); //загрузить документ
r:=doc.selectsingleNode(//file[@name="${{EulaHtmlFile}}"]) //это мы нашли что хотим удалить
p:=r.ParentNode; //для удаления нам нужен его родитель
p.RemoteChild(r);// и теперь спокойно удалим
...
doc.Save(....);