Вообще говоря, практич. любой проект MFC подрубает неявно
практич. все заголовочные файлы win через подключение файла
afxwin.h (проекты, имеющие окно), или afx.h (static library) -
посмотрите stdafx.h своего проекта. Через afx.h включается windows.h,
который включает в свою очередь winuser.h. Так что winuser.h
самому подключать не нужно. Однако, если открыть в редакторе winuser.h,
то ф-ю UpdateLayeredWindow я там не нашел (VC 6.0, SP5) :), хотя
User32.lib ее действительно экспортирует (за разъяснениями обращайтесь
в Редмонт или лично к Гейтсу :)). Что делать? Придется ручками описать
прототип этой ф-ии в заголовочном файле, в котором нужно вызывать
ф-ю или, еще проще, в stdafx.h:

myfile.h:
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif /* __cplusplus */
BOOL WINAPI UpdateLayeredWindow(
HWND hwnd, // handle to layered window
HDC hdcDst, // handle to screen DC
POINT *pptDst, // new screen position
SIZE *psize, // new size of the layered window
HDC hdcSrc, // handle to surface DC
POINT *pptSrc, // layer position
COLORREF crKey, // color key
BLENDFUNCTION *pblend, // blend function
DWORD dwFlags // options
);
#ifdef __cplusplus
}
#endif /* __cplusplus */
...

myfile.cpp:
...
bError = ::UpdateLayeredWindow(::GetActiveWindow(), NULL, NULL,
NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL);
if (!bError)
dwError = GetLastError(); // для отладки примера
// у меня возврат bError == 0 (ошибка, естессно)
// dwError == ERROR_INVALID_PARAMETER // что похоже на правду, т.е.
// ф-я вроде вызвалась и отработала :)

p.s. насчет того что не рекомендуется использовать апишные ф-ии - слышу впервые,
кроме случая с AfxBeginThread(..) вместо ::CreateThread(..), но это вроде не отсюда...
да, в проекте MFC App User32.lib подрубать не надо также (как и windows.h :),
MFC его сам подрубает (однако, ошибки сборки не будет).
удачи.

насчет SDK вы правы. тогда проблем не должно возникнуть.