Сколько прототипов в .h?
Используется ли декорация имен?

Когда я решал подобные задачи, я использовал 2 пути:
1. Когда библиотека экспортирует мало функций (мой критерий до 10-15), я писал библиотеку, которая экспортирует тот же список функций, что и оригинал, затем подкидывал программе свою библиотеку, которая уже и подгружала оригинал, в который форвадила вызовы. Пример - перехват функций DllGetClassObject, DllCanUnloadNow, DllRegisterServer, DllUnregisterServer у оле-библиотеки.

2. Если библиотека экспортирует много функций, я внедрял в процесс свою библиотеку, которая перехватывала обращения только к интересующим меня функциям. Пример - перехват файловых операций Kernel32.dll

Читал, что есть третий путь - создание специальной библиотеки, в секции экспорта которой сразу можно указать, что данная функция экспортируется данной библиотекой, а реализована в другой, но сам этот путь не исследовал.