бинарникиНаблюдаю 20 различающихся байт.
Это так и должно быть?

Файлы .exe/.dll, построенные в разное время, различаются.

Вот тут ( http://wiki.miranda-ng.org/index.php?title=Plugin:PluginUpdater/ru ) пишут, что умеют сравнивать .dll без учета данных о времени компиляции.

Plugin updaterХеши плагинов считаются по специальному алгоритму, исключающему информацию о времени компиляции dll (которая также пишется в dll). Таким образом, плагин, скомпилированный одним компилятором из одних исходников в разное время, будет иметь один хеш для PluginUpdater, но разные в случае подсчёта стандартными утилитами подсчёта MD5.

Речь идет о модулях, созданных в VisualStudio.

Исходники PluginUpdater - доступны.