Dimitry Sibiryakov,

Взять через fileno() дескриптор и закрыть через close() вместо fclose()

MasterZivБоюсь, что гарантировать это нельзя.
Смотря про какие буфера идет речь.
Если про тот что организуется в FILE над дескриптором - то я выше написал как его обойти.
Если про буфера в дисковом кеше ОС, то если данные оказались в дисковом буфере, то юзерская программа уже не контролирует их судьбу.
Можно недопустить использование дискового кеша. Есть соответствующие флаги у open() O_SYNC/O_DIRECT
Но это скорее всего замедлит и усложнит работу с файлом когда данные таки должны будут записаться на диск :)

Хотя я бы не заморачивался насчет дискового кеша.
Дело в том что закрытие файла не приводит к немедленному сбросу кеша на диск. Сброс производится асинхронно (кроме O_SYNC/O_DIRECT).
Поэтому на скорость закрытия это не должно влиять.