Программа сначала компилируется Компилятором а затем линкуется Линкером - это две разные программы и пути поиска необходимых файлов для них задаются отдельно. Файлы *.hpp Линкеру не нужны, потому и настраивать надо не его. Эти файлы в исходных модулях проекта указываются с помощью директивы include. Ну а дректива include во первых имеет две формы записи #include "xxx.hpp" или #include <yyy.hpp>. Первая запись указывает путь к файлу относитеоьно рабочего директория, т.е. где находится сам проект, и там можно написать даже так #include "С:\myFile.hpp" или так include "..\myFile.hpp" . Второй способ указывает Компилятору на переменную "-I" которая содержит перечень возможных путей поиска файлов. В IDE настроить ее можно так Project\Options\Directories(Condition)\Include Path. Там же можно и Линкеру сказать где чего лежит.