Ну всем отличается. Совсем разные понятия. Только название одинаковое - класс. В принципе, Windows - объектно-ориентированная графическая система (не смейтесь, это так и задумывалось при проектировании, и есть на самом деле), т.е. окна в ней - объекты, а типы этих окон - это классы. Посылка сообщения -- это вызов метода. Даже есть средства для хранения данных , агрегирования их в объект класса окна (т.е. в окно), SetWindowLong() etc. Но физически классы окон Windows и окна - это просто бинарные структуры. А чтобы они стали одновременно еще и классами языка С++, с соотв. функциональностью, синтаксисом и пр., и нужно MFC, где (как правило) каждому оконному классу Windows ставиться в соответствие класс MFC. При инициализации экземпляра класса MFC он всегда делает subclassing в терминах WINAPI и таким образом механизмы виртуальных методов и сообщений класса C++ становятся единым целым с обработкой событий (т.е. вызовом методов) окна.