Sleep(100)
вызовет
1) перевод текущего потока в состояние "не работает", что вызовет фактически приостановку его выполнения (произойдет это немедленно).
2) находится в приостановленном состоянии поток будет 100 милисекунд (не меннее 100)
3) По истечении 100 милисекунд поток будет переведен в состояние "готов к выполнению"
4) Далее диспетчер задач будет в нормальном порядке выполнять диспетчеризацию в соответствие с приоритетами и прочими условиями, и наш поток может попасть на выполнение, а может и не попасть.

Но я не понимаю, в чем ваши сомнения - Win32 - это многозадачная операционная система, причем НЕ реального времени. Поэтому выдержать какие-то времена выполнения (или невыполнения) какого-то кода в принципе невозможно.
Так что либо Sleep(100), либо то, что вы хотите делать, надо реализовывать на другой операционке или в виде драйвера реального времени.