авторА что такое HDC? Надеюсь, Вы не шокированы таким вопросом?
нет, ибо
авторя рисую на канве
сразу навело на мысль о борланде.
Люди, работающие с борландом редко и в CDC лезут, а в HDC и совсем наверно никогда...

HDC - это Handle от DeviceContext'а.
DeviceContext - это контект устройства. Сущность, через которую, например, идёт общение с окном. Криво сказал. Ну вобщем, через девайсконтехт можно рисововать всячески.
Дык вот. Каждый раз, когда добавляется полигон,
тебе надо создавать под него HDC через CreateCompatibleDC()
потом в этот DC отрисовать _закрашенный_ полигон.
И всё, что нужно по клику - пройтись по списку (список можно сделать сортированным, к примеру, по клику вытаскивать полигон "наверх" и на канве и в списке) и найти там первый HDC который в данной точке содержит крашеный пихел GetPixel(HDC,x,y);
Потом посмотреть, какой полигон соответствует этому HDC и всё.

Если пугают девайсконтехты, и слово "конва" ближе :) то можно делать тоже самое тока создавая для каждого полигона скрытую конву, в ней рисовать раскрашенный полигон и потом пробегаться по списку конв. Правда, боюсь, это будет медленнее и накладнее. Но может и нет.

авторя бы делал так: создать массив в который помещать создаваемые полигоны,
точнее объекты описывающие их вершины.

Пробема не в том, как нарисовать, а в том, как потом по клику найти.
Если у тебя тока вершины и 10000 полигонов - задерёшься.

автора с определеним по цвету изврат,
не присовокупляйте, да не прсовокуплены будете!
автора если два полигона будут иметь одинаковый цвет,
А они и будут иметь один цвет, но в разных hdc. Иначе надо будет для поиска ещё и цвет помнить.
автора если они перекрываются и хочется как в максе по клику перемещаться по оси Z и выделять их по очереди
да запросто. Помним последний hdc и делаем поиск со следующего.

Читайте внимательнее идею, которую я изложил. там _много_hdc_

авторЯ бы делал это через WIN32 Regions. Только не все операционки это поддерживают (только NT)
Вот требования к регионам:
Windows NT/2000/XP: Included in Windows NT 3.1 and later.
Windows 95/98/Me: Included in Windows 95 and later.

Хорошая идея! Тока не помню, есть там функции проверки попадания точки в регион?
В принципе, можно сделать так: создать регион на точке и потом его через AND сложить - если пусто = промазали.

Ну я это как раз и предложил, тока не один DC, а несколько, иначе перекрытия будут. А вот цвет использовать чёрно-белый