ээээ..... ну если с такими знаниями аппаратной части соваться в обработку прерываний...
я бы советовал почитать литературу....

Часы отставать не будут, так как для их работы используется микросхема никак не связанная с процом. В противном случае при отключении питания часы бы останавливались. Смею вас заверить, что питание с проца снимается полностью. Батарейка работает только на биос в коем и расположены часы. (раньше это ыла отдельная микруха).

Далее, если всеж не хочется блокировать прерывания все, то можно наложить маску прерываний на контроллер. Это работает медленее, но эффективнее. потому как при обработке одного прерывания, хочется иметь возможность прервать обработчик более приорететным прерыванием.
но могу заверить, что если проблема только в часах, то можно смело выставлять команду на запрет прерываний. При это не будет только тиков, но время будет прекрасно отсчитываться.

странно... насколько я знаю время не сбивается... но спорить не буду.
Во время обработкипрерывания в НОРМАЛЬНОЙ ПРОГЕ оно же не должно возникнуть или по крайней мере возникать часто. но может возникнуть прерывание другого уровня и причем весьма вероятно.
А по поводу полного перехвата, нужно отталкиваться от требования на прогу... И то что делает или может сделать другой обработчик прерывания. Как правило, я не возвращал управление по прежнему вектору.