Visual Studio .NET (2003, 2005) (не Visual C++, а Visual Studio) - это продукт фирмы MS, который включает кучу тулзов для компиляции, несколько компиляторов и IDE.

C# - это один из языков программирования, поддерживаемый VC.

Если имеется в виду разница managed C++ и C#, то она заключается в том, что на первом можно писать и использовать unmanaged code, использовать сырую память, арифметику указателей и функции ОС, на втором - нельзя. Кроме того, это просто разные языки программирования, C++ гораздо сложнее, чем C#.