Есть такой ключик в опциях компилятора "-I bla bla bla" - указывает где искать инклуд файлы при компиляции

Step 4: VCVARS

cl.exe won’t work out the box in any command prompt. It is required that the Visual Studio environmental variables are set up. The good news is that Microsoft provides bat files to do this for you. The bad news is that these settings are lost when you restart your computer. Thus here you have a choice, either simply run the bat file before you wish to compile MPI programs (not that much hassle since the bat file is in the same directory as cl.exe and thus in your PATH now), or you can add the file to your task scheduler to run at system startup. The name of the file is either vcvars32.bat or vcvars64.bat for x86 and x64 architectures respectfully. I just simply type vcvars64 into my command prompt before compiling the first time. At this point everything should be setup.

Посмотрите, что у вас в vcvars64.bat и после выполнения переменные окружения остаются ли ?
Подозреваю, что не остаются
Почему? Потому, что нужно почитать как же шеллы запускаются, и что такое exec()