Судя по описанию приложение создано на базе диалогового окна.
MFC для приложения на базе диалогового окна генерит класс МуАрр и MyDlg.
в функции CMyApp::InitInstance() собственно и вызывается дилог
CMyDlg dlg;
m_pMainWnd = &dlg;
int nResponse = dlg.DoModal();
Соответственно hWnd главного окна это хандл диалога.
Получить его из MyApp можно так m_pMainWnd->m_hWnd;
из MyDlg this->m_hWnd;
но для того чтобы послать сообщение хэндл не нужен CDialog наследник от
CWnd а в CWnd есть функция SendMessage(...) см. MSDN
Для того чтобы скрыть окно тоже есть функция
BOOL ShowWindow( int nCmdShow );
Размеры окна по умолчания в данном случае определяются размерами заданными в ресурсе IDD_MY_DIALOG и правятся через редактор ресурса .
Все сообщения от контролов окна обрабатываются в классе диалога.
Достучаться до них можно с помощью функции
CWnd* GetDlgItem ( int nID ) const;
их хэндлы соотвтственно GetDlgItem(MY_CONTROL)->m_hWnd;
Сделать их недоступными (если я правильно понял WS_DISABLED)
GetDlgItem(MY_CONTROL)->ModifyStyle(NULL, WS_DISABLED)
А вообще очень рекомендую ознакомиться с возможностями класса CWnd
дабы сэкономить своё время.