Проще всего прописаться в автозагрузку + ini-файл для восстановления предыдущего состояния.

Для этого можно завести, например, журналирование...
То есть в момент начала получения данных от сервера делаем запись: "Получаем файло такое-то", а по окончании "Окончили получать ..." или просто удалить запись о начале получения. А при загрузке программы проверять журнал на предмет незавершённых (прерванных) заданий и продолжить их выполнение (или выполнить заново). Многое зависит от специфики приложения.
Но это только один из вариантов...
Возможно, существуют стандартные механизмы решения таких проблем...

Кстати, можно попробовать запустить приложение не от имени пользователя, а от имени системы, правда, вот не понмю насколько это в 9х реализуемо.