MasterZiv
Их есть у меняыщо раз: для SetTimer() НЕОБХОДМО окно приложения,
ибо SetTimer есть не что иное, как перехват WM_TIMER,
а как его без окна схватить?


Не, таймер можно и без окна обрабатывать, но реально вся обработка таймера идет через посылку сообщения и обработку его в цикле обработки сообщения. Нужно использовать другие механизмы, как уже сказали, или напр. Sleep().

Все нормально работает в службе
Sleep() - вы этого чего?

имхо - может у вас проблема в том, что вы рано таймер запускаете
как я делал:
создавал класс, в нем метод Start(), Stop() с статик экземпляром ... (в деструкторе вызываю Stop())

class C...Module : public CAtlServiceModuleT< C...Module, IDS_SERVICENAME >
{
public :
DECLARE_LIBID(LIBID_..._srvLib)
DECLARE_REGISTRY_APPID_RESOURCEID(IDR_PAYMENT_SRV, "{A860A1D9-45C4-491E-9EC6-A7CFD04BB6C4}")
HRESULT InitializeSecurity() throw()
{
theTimer.Start();
return S_OK;
}
};

void CALLBACK myReceiving(HWND hwnd,UINT uMsg,UINT idEvent,DWORD dwTime)
{
theTimer.Stop();
...
}

void myTimer::Start(void)
{
Stop();
...
NumberTimer = ::SetTimer(NULL, 0, Elapse, myReceiving);
}