Гадёныш
Во-первых, вам следует определиться, какую степень скрытности вы хотите получить. Если стоит задача скрыть что-то от студентов(не слишком умных), то перехват апи рулит, можно даже воспользоваться вышеупомянутой Detours. Однако, если задача стоит более серьёзная, то всё становится намного хуже:
1.перехват в 3 кольце очень просто снимается, и этому вы никак не сможете помешать.
2.проблему мог бы решить драйвер, который скрывает эти папки в ядре(Да, кстати, как у вас обстоят дела с драйверами?)
3.Но и драйвер, вовсе не такое хорошее решение, как могло бы показаться. Представьте ситуацию - кто-то грузится с дискеты и забирает всё что нужно. Ваш драйвер идёт лесом.

Отсюда - можно скрыть, имхо, если запороть часть файловой системы, но это есть совсем не хорошо.

Теперь о шифровании. Как было сказано выше - такие программные продукты есть, были-бы деньги. Если вариант с флэшкой можно заменить просто паролем(кстати, зачем вам именно флэшка?), то можно и бесплатные аналоги найти, или ломанные. Для поиска в гугл по запросу "программы для шифрования дисков" (на вскидку - TrueCrypt, BestCrypt...). Это скорее всего то, что вам нужно.

С уважением, Андрей.