Была такая проблема. Долбался сам и саппорт долбал - ниатветили.
Методом научнаго втыка и определенной матери решение нашлось.

Причино: Нехватка памяти для формирования сообщений.
Агент при нехватке памяти начинает дробить сообщения по одному запросу в пакет.
Вот откуда их уйма и все мелкие. Поставьте опцию Compression = 0 - увидите.

Лечиццо:
- увеличением значения у ключика -m (соотв. памяти должно хватать у компа)
- разнесением по времени отправки для кадого удаленного юзверя.
Что бы не все сразу, а по группам.

>> Увеличил ключик -m - поставил -m 200M. К сожалению, картина не изменилась...

Все правильно. На данный этап - не изменится.
Нужно дождаться пока закончится процесс отправки.
Я не знаю почему, но раз агент начал сеанс дробления на маленькие сообщения, то пока он не отправит весь пакет - не успокоится. А после этого будет работать нормально.

У меня сообщения ходят по мылу.
Когда это произошло, то пришлось перевести систему на файловый протокол, дождаться пока агент все "отправит", а затем вернуть настройки на СМТП.
Все что он наплевал в папки было удалено, а затем система самовосстановилась (с помощью повторных запросов от удаленных пользователей).

Ща попробую обьяснить подробнее:
1. Агент начал отправлять мелкие сообщения.
Если Вы остановите его во время отправки, установите новые ключи или параметры,
а затем запустите снова, то он всеравно будет продолжать отправлять мелкие сообщения.
Т.е. он продолжает прерванный сеанс отправки. И пока он его (сеанс) не закончит,
это будет повторяться. Надо дождаться пока он завершит работу (завершит сеанс).

2. Затем агента надо перезапустить установив новые ключи и параметры (если они не были установлены).

Почему так происходит - остаётся загадкой.
У меня было такое 2 или 3 раза.
В базе около 30 удаленных юзеров. Все они отправляли сообщения в одно и то же время.
Ключ -m не был определен. Объёмы для каждого юзера были приличные.
Я разнес отправку на каждого юзера по времени так, что бы в одно и то-же время отправка осуществлялась на 2-3 юзера и установил достаточное (в зависимости от объёма памяти машины и объёма отправляемых за один раз сообщений) значение у ключа -m.

Пока все нормально.