1.Отключить вывод шапки запроса;

Кажется да.

2.Не печатать символы 13,10 в конце каждой строки, символ табуляции в начале каждой новой строки,

вы ничего про таб не перепутали ? Нет, это кажется нельзя.

3.Печатать вместо NULL пустую строку или символ 0?

нет


Вы ещё можете попробовать следующее :

посмотреть BCP.

поставить и изучить SqSh , у неё гораздо больше возможностей в этом плане.

посмотреть другие аналоги isql.

написать программу самому, на dblib, или на ctlib, или на Perl, python.