В жанре хроники по Варианту 2 из предыдущего поста.

На форуме sqlanywhere-forum.sybase.com нашелся ответ. После выполнения ./buildconf в скрипт configure попадают несколько кодов "0D", они-то и ломают скрипт. После пересохранения в редакторе нано эти коды устранились и скрипт отрабатывает.

Затем воспроизвелась проблема выполнения make:
При обращениях к функции zend_list_insert( x, y) неверное кол-во параметров (на деле текст несколько иной). Сие по-видимому означает, что т.н. Zend API не совпадает с предположениями в исходниках РНР-модуля, но я не в силах ещё и в этом рыться. Кроме того, исходник sqlanywhere.c содержит php.h и другие инклуды, которые есть в достаточно древних исходниках ТДС, но нет в исходниках самого модуля. Вот и верь после этого людям.