Разница есть. Но она в первую очередь в обслуживании со стороны ОС.
Разные конфигурационные файлы лежат в разных местах и подобные мелочи.

В производительности СУБД разницы практически не заметно. Но по субъективным ощущениям Линукс версия лучше, потому что там я намного лучше знаю (или могу узнать) что делает тот или иной "стандартный" процесс и могу ли я его убить нафиг. В Винде так не получается и там приходится мирится с тем что ОС отвлекается на что-то непонятное. Неприятно, но практическая разница в долях процента и на общую картину практически не влияет.

В общем, какую ОС лучше знаешь - ту и бери.