Точно не скажу, но когда-то мне разработчики нашей базы ASA упоминали про ограничение в размере файла для isql, то ли 64к толи еще как. Может это для старых версий как у Вас.
Они(мои разработчики) разбивают скрипты на несколько файлов и потом заливают это в одном главном файле через read.
Еще раз повторю, что это было давно. Сам про это ограничение не читал.
В последних версия ASA вроде проблем нет.