Насколько T-SQL/Watcom-SQL и хп/триггеры/запросы переносимы между этими двумя СУБД?

НЕТ !! они более-меннее похожи , но не 100%-но переносимы. Т.е. переносимость - это
скорее девичьи мечты Sybase.

Раньше, насколько я знаю (ASA8-9, ASE 11), было не все так просто. Существовал целый Migration Kit и подробный User guid по миграции. Все на том же уровне осталось?

Не знаю, но боюсь что стало еще хуже. Обе СУБД сейчас активно развиваются, так что думаю за совместимостью уже
никто не следит.

Т.е. я имею ввиду что продукты развиваются сами по себе и к "общему знаменателю" не приводятся?

Боюсь, что так и есть. Конечно надо быть экспертов в обеих СУБД, чтобы утверждать однозначно, я в ASA слаб (т.е. вообще никак).

(чего не скажешь, например, о MSDE и MSSQL - ну очень прозрачная совместимость).

Тут нельзя вообще говорить о совметсимости. Это вообще одна и та же СУБД, только разные продукты.
У двух вариантов ASE (легкого и энтерпрайз, я уже забыл как они там называются) тоже полная совместимость, только фич каких-то нет в одном и есть в другом.