Странно, когда делаешь реинженеринг в PD, то вроде он сразу генерирует главную схему, где отображены все связи. Как проводился реинженеринг - напрямую через ODBC или же со скриптов ? Просто во втором случае PD иногда подглючивает. А вообще очень рекомендую зайти на топик, посвященный PD: /topic/28923 , там сидят специалисты и они наверное смогут помочь гораздо быстрее :)