Не являясь знатоком, можно предположить, что в W2K ничего особо не подправить.
"Превышен таймаут семафора." возникает когда выполняется некий вызов типа WaitForSingleObject или подобный, примененный к объекту ядра Semaphore.
"Превышен таймаут семафора" возникает в разных ситуевинах и иногда действительно можно в реестре выставить (например, таймаут для сетевого редиректора) - но это от приложения зависит.

Потому как таймаут задается прямо при вызове этих WaitFor..., т.е. управляется из самого кода исключительно. (или из конфигов приложения)

В Вашем случае явно глючит ASE или даже сам сервак (проблемы с железом часто сопровождаются такой ошибкой).
Инфы мало.