ASCRUSГм, ни разу еще не пропадали после накатов EBF.

Но копию сделать можно, она храниться в файле:
\Document and Settings\User\.scUserPreferences43
где соотвествующе "43" - это номер версии Sybase Cental.
Там лежат юзерские Connection Profiles. А если создавать эти самые профайлы с галочкой "Create profile so that all users can access it" то профайл будет создан в "C:\Program Files\Sybase\Shared\Sybase Central 4.3\.scRepository" и при накатывании EBF действительно может быть убит.