Roman Mejtes,

Первоначально задаётся опцией компилятора SQLITE_TEMP_STORE
http://www.sqlite.org/compile.html#temp_store

Если стоит по-умолчанию (1), то временные таблицы хранятся в файлах, но место можно поменять через прагму temp_store:
sqlite.orgUse files by default but allow the PRAGMA temp_store command to override

http://www.sqlite.org/tempfiles.html#tempstore
Ну и в целом табличка

http://www.sqlite.org/pragma.html#pragma_temp_store

SQLITE_TEMP_STOREPRAGMA temp_storeStorage used for TEMP tables and indices0anyfile10file11file12memory20memory21file22memory3anymemory

немного опечатался, не опцией компилятора, а опция компиляции через define