Nikolay206Необходимо придумать работу системы так, чтобы клиентские приложения могли существовать независимо от сервера, а по возможности выполнять синхронизацию данных. Читать учебники по распределенным базам, изучать процесс репликации данных и утилиты существующие для этого.
Правда ETL tools специфических для SQLite я не знаю.

Nikolay206Но наткнулся на следующую проблему - синхронизация уникальных индексов.Тоже мне, проблема. У тебя несколько баз данных. В каждой из них может появляться новая запись. Значит что должно быть частью первичного ключа?... Правильно - идентификатор базы.
А дальше уже не важно, что там используется в качестве логического первичного ключа - главное иметь ID филиала (базы) внутри физического PK и все проблемы исчезают.


Nikolay206Можно в качестве первичного ключа использовать TEXT поле?

На сколько ресурсоемкими будут запросы с JOIN - не будет ли торомозов при больших данных?
Это уже совершенно другой вопрос, не относящийся к проблеме распределенных баз. Но...
- да, можно использовать TEXT как PK
- Что значит "больших данных"? Если ты думаешь использовать много-мегабайтные блобы в качестве PK - тогда действительно будут проблемы. А если ты точно знаешь что в поле тексты не будут превышать по длине какого-то сравнительно маленького числа, то проблем не будет. В качестве "маленького числа" я предпочитаю использовать 32. Но в принципе, я встречал и char(128) в качестве PK-FK поля и вроде не тормозило... Но тут еще зависит и от машины на которой база крутится...