Нужно удалять и создавать. Хотя при вставке в транзакции смысла в этом особого нет.

triaТ.е. если делать вставку одной транзакцией, то обновление индексов будет производится в конце операции?

Имеет ли смысл разбивать вставку 50 000 тыс. записей на отдельные транзакции, например, по 10 000 тыс. ?

Зависит от ваших настроек, проверяйте на своих данных. Нужно учитывать, что модифицируемые данные и индексы должны помещаться в кэш для оптимального быстродействия, а размер кэша считается в страницах, причем размер страницы по умолчанию слишком мал.

Вот как пример, здесь исследуется создание индексов для случаев достаточного и недостаточного размеров кэша:
Degradation of indexing speed in SQLite 3.6.20

См. в рассылке sqlite-users недавнюю тему "create index before or after many inserts?"