Эту строчку сохрани в текстовой файле в папке с текущим профилем Mozilla Firefox:

for %%i in (*.sqlite) do @echo VACUUM; | sqlite3 %%i

Переименуй указанный текстовой файл на VACUUM.BAT и по мере необходимости запускай. Перед запуском необходимо закрыть Mozilla Firefox.

Текущий профиль можно узнать з меню "Инструменты" пункт "Консоль ошибок". Скопируйте следующий код (он длинный, убедитесь что скопировали его целиком):

Components.classes["@mozilla.org/file/directory_service;1"].getService(
Components.interfaces.nsIProperties).get("ProfD",
Components.interfaces.nsIFile).path

Чуть не забыл в папку с текущим профилем нужно скинуть sqlite3.exe, скачанную с официального сайта