Игорь Чобнаружил, что если снять обновление по таймауту, то все работает нормально. Т.е. получается что на момент запроса (select) база тоже блокируется?

Зависит от режима открытия БД. Если использовать режим WAL, то не блокируется. Попробуйте открыть вашу БД в sqlite3 шелле и указать "PRAGMA journal_mode=WAL;PRAGMA synchronous = NORMAL;" - эти настройки сохраняются, так что после этого все клиенты будут в указанном режиме открывать БД (если только они в явном виде не определяют собственные настройки).