Перед записью:
PRAGMA journal_mode = OFF;
PRAGMA locking_mode = EXCLUSIVE;
PRAGMA synchronous = OFF;

вырубить автокомит
Писать либо prepared либо в таком формате

insert into table values
(1,a),
(2,b),
(3,c),
...................
(100,zz)


После записи пакета
комит,

После записи всего:
Включаем автокомит,
PRAGMA journal_mode = DELETE
PRAGMA locking_mode = NORMAL
PRAGMA synchronous = NORMAL
analyse
vacuum


Вся запись - на локальный файл.
смотрим индексы и автоинкеременты, может они тормозят