Обновился до последней версии SQLite.
Проекты есть и на Qt и на .NET
Раньше делал ANALYZE для базы и все запросы летали. А после обновления SQLite до последней версии начали наоборот тормозить.
Т.к. ANALYZE пишет данные в таблицу sqlite_stat1 (2,3,4), то я попробовал удалить данные из этой таблицы для таблиц которые участвуют в запросе. В результате запрос(ы) начали летать, при том этот "глюк" появился не для всех таблиц. Пока не понял для каких.

Я не буду приводить примеры Таблиц и Скул-запросов, потому что:
1. Большие таблицы и запросы 5-ти этажные.
2. Пока ещё не доконца всё понимаю.

П.С. Может кто сталкивался ...

В том то и прикол, что ничего не поменялось!
П.С. Забыл пр это написать.