В дерево исходников включены модули полнотекстового поиска, указываете нужные ключи при компиляции и получаете SQLite плюс полнотекстовый поиск. Кстати, поддержка юникода реализуется тоже отдельным модулем - дефолтовая сборка с русским языком работать не будет. Так что или компилируете модуль ICU с libicu, или берете модуль поддержки юникода от Иоанниса. Также можете скачать версию SQLite 3.6.2 с поддержкой R-tree,FTS3 и ICU отсюда:

http://mobigroup.ru/files/sqlite3.6.2-win.tar.bz2

Обновлять не планирую, поскольку виндовая версия мне без надобности. libSqliteIcu.dll собрана как отдельная библиотека, поскольку собирал по просьбе участников рассылки sqlite-users, а им так удобнее.

Для дебиана можно взять сырцовые и бинарные пакеты из репозитория, настройки см. здесь:
http://mobigroup.ru/page/debian
Поддержка полнотекстового поиска, юникода, функции сжатия/распаковки, md5, ГИС-функции, работа с сетевыми адресами ipv4 и проч. вкомпилены непосредственно в библиотеку sqlite и не требуют подключения внешних модулей. Также доступна утилита для анализа баз данных SQLite. Сегодня уже закачал последнюю версию SQLite 3.6.11, где доступны функции online backup/restore.