Daniel
По утверждениям разработчиков индексы обновляются после каждой транзакции
изменяющей ключевые поля - именно этим объясняют невысокую производительность при многочисленных инсертах и включенном автокоммите.
Именно поэтому для всатвки пары десятков тысяч записей рекомендуют пользоваться командой COPY.
Согласен что пользоваться ей не всегда удобно, но скорость добавления записей IMHO предельная. Что же касается индексов: похоже они
обновляются опять таки после коммита транзакции.
Наверное тут происходит нарушение статистики на которую опирается планировщик запросов. И где-то он отказывается от индексов.

Про скорость Insert/Copy - см доку.
VACUUM ANALYZE. - полезно обновлять статистику для планировщика
после массового перепахивания таблиц.
Про RH ничего не знаю. смотри рассылки на postgresql.org.
И все-таки тут важнее не ОС а установки постгреса ну и сам запрос.
Еще раз скажу - индексы обновляются именно по insert ( именно чтобы не тратить время на их обновление при массовых инсертах в доке рекомендуют удалять индексы и создавать после всех инсертов заново)
Следовательно дело не в индексах. IMHO все дело в мусоре и неадекватной статистике для планировщика.
Сравни результаты EXPLAIN ANALYZE до и после VACUUM ANALYZE.
Я думаю получится интересно.
Может быть что-то не в порядке с выполнением WAL под RH.
Тут ничего не присоветую. Это к разработчикам.