- включил бы мониторинг (так, чтобы снимки снимались часто и была бы история) на диски, CPU, память, файл подкачки
...
- по прошествии минут 30 _после_ замедления, начал бы курить графики мониторинга и логи базы.

Урывками — "вот на этом графике у меня затык!" — не увидеть, сравнить не с чем.

Cравнить не с чем.

В целом, картина на затык не похожа:
1. С диска стабильно читает среднее 0.374 макс 9 Mb/s
2. На диск пишет в среднем 1.202 макс 28.373 Mb/s
IMHO похоже на правду, кто БД и бекап держит в момент загрузки на одном и том же томе и нафига - вопрос риторический.
3. Процессор молотит.
Загруженность процессора средняя 17%, тотал 64%.
Не знаю сколько ядер в компьютере и в сколько потоков была загрузка, но мне кажется, это крайне прилично.

Что удивляет:
1. Ошибок страниц в секунду: среднее 1,528 макс 49,563
Можно подумать, что что-то ушло в своп.
2. Ввод страниц в секунду (и обмен страниц в секунду) - среднее 119 макс 2,209
мне кажется, это дофига
3. Средняя длина очереди диска D - 0,327
Средняя длина очереди дисков _Total - 0,935
ОЧЕНЬ похоже, что есть какая-то еще дисковая активность, кроме диска D !!! Которая в приложенный мониторинг не вошла. Своп?

Не спец. по администрированию Windows, но по ощущениям чайника:
1. Есть какой-то обмен с дисками помимо диска D. И на этих дисках, длина очереди диска явно больше, чем на диске D
2. Что-то свопиться, хотя памяти вроде дофига. Насколько "активен" своп, сказать не могу, мне сравнивать не с чем. Но явно он отличен от 0.
3. Кеш и память для меня выглядят странно. Больно маленький кеш при Ваших обменом с диском. Но не специалист.

С подкачкой могу ошибаться, т.к. "Память, обмен страниц/сек. Этот счетчик очень часто неправильно интерпретируют...
Большое его значение необязательно подразумевает, что узкие места производительности возникают из-за недостатка ОЗУ." ( C ) MSDN

"Память, вывод страниц/сек. Этот счетчик показывает, сколько страниц виртуальной памяти записывались в файл подкачки для освобождения страниц ОЗУ для других целей каждую секунду. Этот счетчик необходимо отслеживать, если вы подозреваете, что узкое место — это подкачка. Даже если значение счетчика Байт выделенной виртуальной памяти больше объема ОЗУ, проблем с производительностью из-за недостатка оперативной памяти не будет, если значение счетчика "Вывод страниц/сек" небольшое или равно нулю в течение большей части времени."

Но удивляет, что:

Средняя длина очереди диска D - 0,327
Средняя длина очереди дисков _Total - 0,935