Hibernate можно научить работать с UUID для этого нужно написать специальный класс унаследованный от UserType. Сам маплю Java'вский UUID на Postgres'овский uuid.

В JPA можно заменить TopLink на Hibernate. Не пробовал, но чисто теоретически. Я ваче JPA не пользуюсь.

Скорее всего, можно научить и TopLink.

Генерировать структуру базы при этом скорее всего не получится, т.е. получится, но полей типа uuid в ней не будет. Скорее всего будут строки.

Резюмируя: ничего невозможного нет, надо только поработать руками и головой.