автордает порядка 1600 строк. насколько мне известно физически каждый объект бд постгрес - это отдельный файл. получается что чем больше таблиц, индексов и прочего в базе, тем сильнее будет забита фс.
зы vacuum analyze и reindexdb отрабатывает каждые сутки

1. grep нужно делать от директории базы данных (кластера postgres)
2. количество открытых файлов ни о чем не говорит
(у меня команда lsof | grep postgres | wc-l даёт 2900, сервер не тормозит (Slackware Linux 2.6.16.17), но меньше других программ )
(lsof | grep postgres/ | wc-l даёт 1700 - реально файлы баз данных, остальное - библиотеки, so-шки)
(lsof | wc -l даёт 5693)

Если Postgres тормозит систему, значит кто-то postgres активно пользует. Моё мнение.
Открывает Postgres только те файлы, которые соответствуют используемым таблицам, а не все таблицы в базе.
И, думаю, периодически закрывает неиспользуемые (но не уверен).

А сколько памяти на серваке? А сколько shared_buffers в postgresql.conf? Может ты его большим сделал, да сервак начинает элементарно свопиться?

Radjamanshared_buffers = 400 (а не мало ли это?)
в дефалтовых конфигах это значение = 1000
Мало. Это 3200KБ.
Сколько памяти на серваке? Если 512МБ - 1ГБ, то поставь 10000, если >=1ГБ, то 20000 (160МБ). Больше не надо.
Не забудь поправить shmmax (смотри документацию 16.4. Managing Kernel Resources)

Кстати, с таким shared_buffers (400) он и правда может начать дрочить диск.