Распространённый алгоритм на такой случай:
Хранить где-нибудь время последнего запуска процедуры. Запуск процедуры инициировать чаще, чем это требуется. При старте по крону проверять время последнего запуска, и, если ещё не истёк необходимый период между запусками, ничего не делать. В противном случае - выполнить процедуру, и обновить время последнего запуска.
Например, что-нибудь нужно выполнять раз в сутки. Задержка в пару часов ничего не значит - прописываем в крон период в один час. Проверяем при запуске: если время последнего запуска текущие сутки - ничего не делаем. Если это прошедшие сутки, то запускаем процедуру и обновляем время последнего запуска. При таком подходе, если в момент, когда процедура должны была быть выполнена, сервер был в шатдауне - ничего страшного: выполнится через час.