Сталкивался с такой проблемой - пришел на предприятие 15 баз в постгрес.
Были на nix интерфейсы для WEB и на perl - все связи на клиенте - чего не очень хорошо.

Вопрос решился просто - есть понятие схема. В итоге получилась одна база
для системы, своя схема для АРМ/Приложения и есть пару схем с общими таблицами-справочниками. Кроме того звязь данных между схемами.
Просто и быстро и правильно. И вопросов по оптимизации сервера меньше.

Николай.