Nuclonдо этого варианта я уже дошел, но мне кажется нехорошо это - использовать один и тот же подзапрос в двух местах - на скорости скажется.

Правильно.

Вот такой вариант лучше с точки зрения производительности:

SELECT tid, sum_qty FROM
(
SELECT table1.id as tid,
(SELECT sum(table2.qty) from table2 where table2.parent_id=table1.id) as sum_qty
FROM table1
)
WHERE sum_qty > 1

Я сейчас не очень соображаю, но, кажется,
ничего не мешает написать и так

SELECT table1.id , sum(table2.qty) as sum_qty
from table1, table2 where table2.parent_id=table1.id
and sum_qty > 1