Будем заниматься мыслечтением.
Есть два варианта:
1. Новая версия БД вааще не похожа на старую (смена имен таблиц, полей, декомпозиция или слияние таблиц, другие стр-ры данных и т.д.)
2. Модификация стр-ры.
Отделить одно от другого поможет принцип ОБЛОМА (http://www.oblom.ru/). Если облом ваять скрипт по приведению стр-ры А к структуре Б, тогда 1, если нет - то 2.
Скрипт может быть подготовлен например с помощью EMS DB Comparer.

Ну и ответы соотвественно, если 2 - то просто сделать дамп, накатить скрипт модификации. Если 1 - то написать код для перегона данных из одной БД (или лучше схемы) в другую. Или это будет что-то на SQL/ pl/pgsql, или на удобном для Вас языке программирования. Для поддержания ссылочной челостности при перегоне можно или вообще отключить FK и включить когда все уже будет перегнано, или вносить данные правильно и последовательно, что бы проблем не возникало.