Посмотрите описание этих параметров в документации.
Первый говорит, что контрольные точки выполнять каждые 30 минут. А второй, что выполнение контрольной точки нужно растянуть на 95% от checkpoint_timeout (30мин). И это правильно, потому что сглаживает пишущую нагрузку.

Когда нагрузки нет, сбрасывать на диск нечего, то растянуть на почти 30 минут не получается, вот и укладывается в 1-2 минуты.

Кстати в 14 постгресе checkpoint_completion_target уже по умолчанию будет 0.9, вмест нынешних 0.5.