Хорошей практикой в данном случае является навешивание непересекающихся check constraint-ов на колонки с PK в обоих таблицах. То есть вы создаете отдельно в каждой таблице PK, например, по колонке id и говорите, что в первой таблице id > 0 and id < 100, а во второй id > 100 and id < 200 и так далее. Включив при этом constraint_exclusion, вы научите PostgreSQL делать запросы по одной таблице, не просматривая вторую (при условиях вида WHERE id = X).