lionson,

Ну... смотреть везде:
- как диски / fs работают?
- были ли сбои в работе сервера, или же просто экстренные остановы?
- как настроен сервер (ядро)?
- как настроен ПЖ, всё ли включено и в достаточном кол-ве? (Это заодно, проблема должна быть где-то выше по списку.)

lionson,

Для баз данных система является неотъемлемой частью (на мой взгляд), утверждать, что дело только в системе я бы не стал.
Скорее всего вы пользуетесь какими-то сервисами системного уровня без оглядки на базу, скажем бэкапы делаются на уровне снимков FS / LVM или даже виртуальной машины.

Напишите подробнее:
- на каком железе и ОСи работаете?
- какая версия ПЖ, как вы её используете (по характеру нагрузки)?
- как делаете бэкапы?