PCContra,

CTE, по сути, синтаксический "рафинад", нужный для более удобной, наглядной и понятной формы записи сложных запросов.
Если есть проблемы с производительностью, то решать их нужно правильным индексированием базовых таблиц и оптимизацией сложных запросов.

P.S.
В некоторых СУБД CTE вообще называется SUBQUERY FACTORING CLAUSE, что, как бы, намекает на их предназначение... ;)
Хотя, справедливости ради, в этой же СУБД есть возможность управления тем, как поступать с результатом запроса в CTE для более эффективного многократного его использования в последующей части запроса - использовать ли его как встроенное представление (on-line запрос), или же материализовать результат на уровне временной таблицы...