/?,

Рисовать свою форму с загрузкой файлов на сервер и последующей их компиляцией (запуска скрипта),
формы грузятся в определенную папку, скрипт "компилит" все формы в папке *.fmb... С помощью WEB_UTILS или других java фичей, вроде этого или этого .. либо, если с реализацией на формах проблемы, писать на php, что-то вроде ($_FILES['uploadedfile'] и shell_exec), нужны права будут соответственные.. как-то так..